По его словам, выделяемых Конгрессом фондов недостаточно, а бюджетные ограничения подрывают процесс планирования военных действий.
На этой неделе Конгресс утвердил выделение 70 млрд долларов - половины той суммы, которую запрашивал президент США Джордж Буш.
С другой стороны, Гейтс сообщил, что в следующем году, как и планировалось, большое число военных смогут вернуться домой, благодаря укрепившейся безопасности.
Он указал на возможность вывода пяти бригад из Ирака к июлю следующего года, причем первая из них сможет покинуть страну в этом месяце.
Вместе с тем, сказал Гейтс на пресс-конференции, подводя итоги уходящего года, «финансирование войны от случая к случаю вынуждает нас строить краткосрочные планы и принимать решения на ближайшую перспективу».
Министр обороны в сентябре выразил надежду, что численность американских войск в Ираке может быть сокращена до 100 тыс. к концу 2008 года. В настоящее время там находятся 160 тыс. военнослужащих США.
Отвечая на вопрос, намерен ли он придерживаться этой цели, Гейтс сказал, что теперь сожалеет, что назвал конкретные цифры.
Но все же, по словам министра, он ожидает, что численность боевых частей будет сокращена.
Официально объявленный план предусматривает их сокращение числа бригад с 20 до 15 к середине следующего года, в результате чего в Ираке останутся 130 тыс. солдат.
Дислокация дополнительного контингента из 30 тыс. военнослужащих в районе Багдада в этом году привела к снижению уровня насилия.
Такой прогресс говорит о том, что командующий войсками США в Ираке Дэвид Петреус может «принять решение о выводе первых пяти бригад к июлю», сказал Гейтс.
«Первая из них отбудет в этом месяце. Мои надежды сводятся к дальнейшему улучшению ситуации», - отметил министр.
В результате голосования в Палате представителей Конгресса США в четверг было одобрено выделение 70 млрд долларов на финансирование операций в Ираке и Афганистане.
Оказавшись перед угрозой натолкнуться на вето Джрджа Буша, выступающие против войны демократы отказались от попыток увязать выделение средств с графиком вывода войск США из Ирака.
Демократы, обладающие большинством в обеих палатах Конгресса неоднократно добивались выработки графика ухода из Ирака, передает BBC.