До назначения президентом Роснефти Худайнатов с 2008 года занимал должность вице-президента, затем первого вице-президента компании и отвечал за разведку, добычу и реализацию стратегических проектов. С 2003 года и до своего прихода в Роснефть он возглавлял компанию «Севернефтегазпром», дочернее общество ОАО «Газпром», успешно реализовав проект по освоению и вводу в эксплуатацию одного из крупнейших в России Южно-Русского нефтегазового месторождения. Ранее занимал руководящие должности в органах государственной власти, включая структуры администрации президента РФ, передает РИА «Новости».
Комментируя новое назначение, председатель совета директоров Роснефти, вице-премьер РФ Игорь Сечин сказал: «Сегодня Роснефть занимает лидирующие позиции в российской нефтяной отрасли. Уверен в том, что жизненный опыт, глубокое знание отрасли и компании позволят Эдуарду Юрьевичу вывести Роснефть на новый этап своего развития».
Как сообщала газета ВЗГЛЯД, в субботу президент России Дмитрий Медведев дал поручение правительству внести кандидатуру Эдуарда Худайнатова для избрания на должность главы Роснефти.
Накануне Роснефть опубликовала сообщение, из которого можно было понять, что глава компании Сергей Богданчиков лишился своего поста. В уточненном пресс-релизе было сказано, что Богданчиков всего-навсего в командировке. При этом быть полноценным президентом Роснефти в этот момент он почему-то не может: вместо него был назначен исполняющий обязанности.