Как сообщила пресс-служба правительства на сайте кабмина, Алексей Комиссаров родился в 1969 году в Москве. Окончил Московский автомобильно-дорожный институт по специальности «Инженер по техническому обслуживанию и ремонту автомобилей». Позже, в 2003 году, получил степень МВА в РАНХиГС.
Был предпринимателем – создал производственную компанию. В 2011 году перешел на работу в правительство Москвы, где до 2015 года работал руководителем департамента, министром. В 2015 году возглавил создаваемый Фонд развития промышленности.
В РАНХиГС Комиссаров пришел в 2017 году. Занимал пост проректора – директора Высшей школы государственного управления академии, создавал программу подготовки высшего управленческого резерва (известна как «Школа губернаторов») и до сих пор руководит ей.
В январе 2023 года Комиссаров был назначен исполняющим обязанности ректора РАНХиГС с сохранением должности гендиректора президентской платформы «Россия – страна возможностей».