Ведомство наделяется соответствующими полномочиями по депортации по согласованию с заинтересованными федеральными органами исполнительной власти, передает РИА «Новости».
После того, как уполномоченный орган примет решение о депортации иностранного гражданина, который оказался в местах лишения свободы, это решение поступает в территориальный орган МВД. В свою очередь МВД решает вопрос о депортации или реадмиссии.
В 2016 году Путин ликвидировал Федеральную миграционную службу в качестве самостоятельного ведомства, передав ее в ведение МВД России. При этом полномочий по определению порядка депортации у МВД России не было.