До своего назначения на должность губернатора Баринов возглавлял «Архангельскгеолдобычу». Однако помимо растраты прокуратура также подозревает Баринова в ряде мошеннических сделок с поддельными векселями. В рамках возбужденного уголовного дела были произведены обыски и выемки документов в кабинете губернатора, на квартире в Нарьян-Маре, а также в офисе компании «Архагельскгеолдобыча».
В самом округе обыски и возбуждение уголовного дела связывают со скандалом вокруг сенатора Александра Сабадаша
Как сказал заместитель прокурора области Юрий Шперлинга, «основное дело, которое расследуется следователями архангельской прокуратуры, - совершение мошенничества группой лиц в крупном размере (пункт «б» части 3 статьи 159 Уголовного кодекса России, в редакции Федерального закона от 1997 года)». Мошенничество на сумму 30 млн. рублей относится к периоду 1999-2000 годов.
Сообщается, что Баринов также подозревается в покушении на присвоение вверенного имущества с использованием служебного положения. На данный момент, однако, обвинение никому из фигурантов дела не предъявлено. По неподтвержденным данным Алексей Баринов находится на подписке о невыезде и на данный момент скрывается от работников прокуратуры. Однако в прокуратуре НАО эти данные опровергают и пока отказываются от дальнейших комментариев.
Баринов до 2003 года возглавлял принадлежащую ЛУКОЙЛу компанию «Архангельскгеолдобыча». А в 2003 году был назначен главным федеральным инспектором по Ненецкому округу. В 2005 году, после снятия с выборов экс-главы округа Владимира Бутова, он выиграл в округе губернаторские выборы у гендиректора компании «Полярное сияние» Александра Шмакова, который, несмотря на поддержку «Единой России» и полпреда президента в Северо-Западном федеральном округе Ильи Клебанова, стал лишь четвертым.
В самом округе обыски и возбуждение уголовного дела связывают со скандалом вокруг сенатора Александра Сабадаша. Напомним, накануне в Нарьян-Маре прошла внеочередная сессия Собрания депутатов НАО. Губернатор Баринов вынес на сессию вопрос о досрочной отставке представителя администрации НАО в Совете Федерации Александра Сабадаша на основании представления главы верхней палаты Сергея Миронова.
В представлении, пришедшем в администрацию Нарьян-Мара, Миронов просит отозвать Сабадаша, но не указывает причину. Депутаты единогласно отказались отозвать Сабадаша и приняли решение обратиться к Миронову с просьбой обосновать причину отзыва, а также согласовать кандидатуру Сабадаша как представителя в Совете Федерации уже Собрания депутатов НАО.
Сабадаш был назначен сенатором от НАО предыдущим губернатором округа Владимиром Бутовым. Баринов после победы на губернаторских выборах не отозвал Сабадаша, и он оставался сенатором от исполнительной власти округа. Одновременно в марте 2005 года Собрание депутатов НАО приняло решение о назначении Сабадаша сенатором уже от окружного парламента. Однако по сей день Совет Федрации не согласовал его кандидатуру, и Сабадаш оставался сенатором от администрации.