В 1970–1980-х годах Кобяков работал во втором отделе Пятого управления КГБ СССР, занимавшегося проблемами борьбы с национализмом и экстремистскими проявлениями на этой почве, с 1986 года был начальником данного отдела, а в 1988-1991 годах, оставаясь офицером действующего резерва КГБ, работал в секторе органов госбезопасности Отдела административных органов (с 1989 года – Государственно-правового отдела) ЦК КПСС, передает РИА «Новости».
В своей статье в журнале «Национальная оборона» «Литовская ССР, 1988-1990 годы: перестройка или предательство?» Кобяков отметил, что в конце 1980-х годов к числу его должностных обязанностей относилось, в частности, изучение обстановки в Литве, Латвии и Эстонии. «Объем информации из этих республик, в том числе по линии органов КГБ, давал возможность руководителям КПСС понимать, что в действительности происходит в Прибалтике и других регионах и чем все это неминуемо может закончиться», – отметил Кобяков.
В частности, руководству компартии направлялась информация о деятельности «Саюдиса» (Sajudis, «Движение») – литовской сепаратистской организации, открыто заявлявшей, что для нее главной целью является «восстановление независимости Литвы». «В течение 1990-го – в начале 1991 года в Литве органами госбезопасности были выявлены работавшие нелегально сотрудники ЦРУ, британской разведки МИ-6, польских и немецких спецслужб, которые осуществляли руководство «Саюдисом» и другими националистическими организациями, а по сути – управляли процессом, как принято сейчас говорить, «цветной революции» в Литве», – указал Кобяков.
В Польше к тому времени у власти уже находилось движение «Солидарность», которое поддерживали спецслужбы стран НАТО во главе с США.
По словам Кобякова, начальником аналитического управления «А» Второго главного управления КГБ генерал-майором Вячеславом Широниным в то время были обнародованы данные о том, что в 1990 году прибывший в Литву американский гражданин Эндрю Эйва стал консультантом лидера «Саюдиса» Витаутаса Ландсбергиса. «Он занимался изучением возможности подготовки повстанческого движения, планировал открыть курсы «рейнджеров», обучал боевиков из числа националистов использованию гранат и бутылок с зажигательной смесью против советских бронетранспортеров и танков. В апреле 1990 года за эту деятельность ему был закрыт въезд в СССР, однако в декабре того же года Эйва вновь прибыл в Литву. Вместе с ним в Вильнюс приехала группа агентов ЦРУ, появившихся вскоре в окружении Ландсбергиса. Позднее Ландсбергис заявил, что американский «специалист» Эйва сыграл «положительную роль» в январских событиях», – вспоминает Кобяков.
Эндрю Эйва (он же Андрюс Эйтавичюс) был специалистом по боям в городских условиях и имел опыт партизанской и диверсионной работы в Афганистане; как консультант правительства Литвы изучал возможности организации «партизанского движения», выезжал в районы, закрытые для посещения иностранцами – об этом рассказывалось в материалах фотовыставки, посвященной 30-летию событий 1991 года в Вильнюсе и проходившей в январе нынешнего года в Москве в Общественной палате.
На фоне того, что обстановка в Литовской ССР накалялась (националисты и сепаратисты продолжали захватывать власть), 8-9 января 1991 года в республику были переброшены военнослужащие 76-й гвардейской воздушно-десантной дивизии и других частей. 11 января президент СССР Михаил Горбачев был вынужден потребовать отмены антиконституционных актов в Литве и восстановления действия Конституции СССР. Решался вопрос о наведении порядка в Литве и введении особого порядка управления республикой, вспоминает Кобяков.