Как передает ведомство, в 2016-2018 годах сотрудники ФОМС, республиканских министерства здравоохранения, управления ФНС России и министерства финансов, используя свои служебные полномочия, занизили число застрахованных неработающих граждан на более чем 50 тысяч. Отмечается, что это привело к необоснованному повышению расходов бюджета федерального ФОМС на сумму свыше 600 млн рублей. Возбуждено уголовное дело по ч.1 ст.285 УК РФ «Злоупотребление должностными полномочиями».
Летом 2018 года по подозрению в мошенничестве был задержан руководитель ФОМС Республики Дагестан Магомед Сулейманов. Его подозревают в хищении 210 млн рублей.