Он признан виновным по ряду статей УК РФ, в том числе в попытке «свержения конституционного строя и нарушения территориальной целостности Российской Федерации», передает ИТАР-ТАСС.
Следствием установлено, что в мае 1999 года, Батчаев умышленно с целью получения военной, идеологической подготовки экстремистского толка, выехал из Карачаевска КЧР в поселок Урус-Мартан Чеченской Республики. Он добровольно вступил в состав незаконного вооруженного формирования под руководством жителя Дагестана Магомедова, в так называемый джамаат моджахедов Карачая. В конце июля 1999 года, в целях свержения конституционного строя и нарушения территориальной целостности РФ, Батчаев принял активное участие в вооруженном мятеже в Дагестане. Тогда участники НВФ захватили нескольких селений, применив насилие, распустили действовавшие в них законные органы государственной власти.
Вооруженными силами и правоохранительными органами мятеж был подавлен, Батчаев вместе с другими скрылся в Чечне. А в августе 1999 года, опасаясь привлечения к ответственности, он вернулся в КЧР и скрыл свое участие боевых действиях. Уголовное дело против него было возбуждено в апреле 2011 года. В августе 2011 года на выездном заседании, состоявшемся в ВС КЧР Верховный суд Республики Дагестан приступил к рассмотрению данного дела. Позже по ходатайству адвоката о вызове свидетелей, отбывающих наказания в местах лишения свободы, рассмотрение дела перенесли в Дагестан и возобновили в ноябре 2012 года.