В соответствии с уставом РФФИ, руководит его работой и несет ответственность за его деятельность председатель совета фонда. Директор РФФИ, который назначается на четырехлетний срок, возглавляет аппарат фонда, занимается финансовыми и кадровыми вопросами, передает РИА «Новости».
Российский фонд фундаментальных исследований был создан указом президента России в 1992 году. Это самоуправляемая государственная некоммерческая организация, ее главной задачей является распределение грантов на поддержку лучших научных проектов, прошедших соответствующий конкурсный отбор. В 2008 году бюджет РФФИ составил 6,6 млрд рублей.