«Такие люди как Вы – по праву являются гордостью России», – говорится в телеграмме президента, опубликованной на сайте Кремля.
В ноябре 1941 года Ботян в качестве командира разведывательно-диверсионной группы был переброшен за линию фронта.
В 1942 году направлен в глубокий тыл врага в западные районы Украины и Белоруссии. Действовал там как самостоятельно, так и в составе крупных партизанских отрядов.
Под его непосредственным руководством проведена операция по взрыву немецкой оккупационной администрации в городе Овруч Житомирской области Украинской ССР, когда там находилась инспекция из Германии. В результате этой операции 9 сентября 1943 года уничтожено 80 гитлеровских офицеров. За эту операцию Алексей Ботян представлен к званию Героя Советского Союза.
В последние месяцы войны группа Алексея Ботяна действовала в тылу врага на оккупированной территории Чехословакии.
Самой известной операцией, проведенной Ботяном, считается спасение польского Кракова от уничтожения нацистами в 1945 году. Легендарный разведчик стал прототипом главного героя в фильме «Майор Вихрь», посвященного тем событиям.