В соответствии с постановлением суда Ахалая был приговорен к пяти годам лишения свободы, но принятая парламентом 28 декабря 2012 года амнистия сократила срок его пребывания в заключении на одну четверть. В итоге наказание составило три года и девять месяцев, передает ИТАР-ТАСС.
По решению горсуда Ахалае также запрещается в течение двух лет и трех месяцев занимать в государственных учреждениях назначаемые должности. Он также должен уплатить штраф в размере 4 тыс. лари (2,4 тыс долларов).
Суд рассматривал дело об организации в марте 2006 года бунта в двух тбилисских тюрьмах и одном подведомственном министерству медицинском учреждении в бытность Ахалаи начальником департамента. В августе суд снял с Ахалая обвинения в незаконном лишении свободы бизнесмена Звиада Абусеридзе, превышении служебных полномочий и издевательствах над сослуживцами.
Между тем, как заявляла Главпрокуратура Грузии, следствием установлено, что бунт в 2006 году в тюрьмах «был спровоцирован жестоким и нечеловечным обращением с заключенными со стороны Ахалаи и других руководителей администрации».
В 2006 году в ходе столкновения между осужденными и спецназом погибли семеро и были ранены 17 заключенных, также травмированы 12 спецназовцев. С августа 2009 до июля 2012 года Ахалая возглавлял Минобороны, с 4 июля по 20 сентября 2012 года - был министром внутренних дел. Ахалая арестован в ноябре 2012 года.