Макаров был арестован в декабре 2006 года. В августе 2008 года началось судебное разбирательство, дело рассматривается с участием присяжных заседателей. Бывшего мэра обвиняют в ряде должностных преступлений, в том числе в вымогательстве, в мошенничестве, а также в хранении наркотиков.
По решению Верховного суда РФ в апреле 2009 года Макарова освободили под залог в 4 млн рублей. В следственном изоляторе он провел около 2,5 года.
До 2009 года включительно шел допрос свидетелей со стороны обвинения, с января 2010 года защита начала предъявлять доказательства невиновности экс-мэра.
«С учетом многочисленных эпизодов предъявляемых Макарову обвинений, думаю, наказание будет связано с реальным сроком с отбыванием в местах лишения свободы», - сказал Войкин РИА «Новости».
По его словам, еще рано говорить о том, какую меру наказания потребует в суде прокуратура. Это буде зависеть от хода судебных разбирательств и представленных доказательств.
«Суд может затянуться еще примерно на полгода», - сказал прокурор.
В марте 2009 года экс-мэр выиграл в Европейском суде по правам человека дело против России. Суд счел, что не были обеспечены должные условия содержания Макарова в СИЗО, а также что судебные власти необоснованно продлевали мэру срок заключения.
Согласно решению Европейского суда, Россия выплатила Макарову 8 тыс. евро за нанесение морального ущерба.