Он был задержан грузинской полицией 12 октября 2008 года во время посещения родственников. Тогда у него отобрали документы, лишив возможности покинуть Грузию. 15 марта 2009 года Вахания обвинили в приобретении и хранении огнестрельного оружия, которое было обнаружено при обыске в доме его отца в Зугдиди.
Кроме того, как уже сообщала газета ВЗГЛЯД, его пытались обвинить в шпионаже в пользу России. Сам Вахания неоднократно заявлял, что задержан незаконно и что дело было сфабриковано грузинскими властями, с критикой в адрес которых он не боялся выступать. Россия неоднократно требовала его освобождения, считая арест незаконным.
Вахания имеет и гражданство России.