Шешель является единственным фигурантом в МТБЮ, против которого было проведено три судебных процесса. По их итогам он был приговорен к 15, 18 месяцам и 2 годам тюремного заключения, хотя Шешель находится в заключении МТБЮ уже значительно дольше - почти 10 лет - с 24 февраля 2003 после добровольной сдачи международному правосудию, став также рекордсменом по длительности пребывания в следственном изоляторе МТБЮ за все время работы трибунала.
Главный процесс над ним идет с 7 ноября 2007 года: лидер СРП обвиняется в разжигании межнациональной ненависти, подстрекательстве к преступлениям против несербского населения Хорватии, Воеводины (Сербия), Боснии и Герцеговины в период с 1991 по 1993 годов. В марте этого года прокуратура МТБЮ потребовала приговорить Шешеля к 28 годам тюремного заключения.
Вынесение вердикта Шешелю ожидается в марте 2013 года, когда пойдет уже 11-й год его пребывания в следственном изоляторе МТБЮ, передает ИТАР-ТАСС.
31 октября 2011 года МТБЮ приговорил Шешеля к этому сроку в связи с раскрытием личностей 11 защищенных свидетелей, выступавших на основном судебном процессе против него. По правилам МТБЮ, по статье "неуважение у суду" может быть назначено наказание до 7 лет заключения, штраф до 100 тыс евро или то и другое одновременно.
Приговор по этой статье был для Шешеля вторым по счету: ранее, в июле 2009 года, МТБЮ приговорил лидера СРП к 15 месяцам заключения также за раскрытие личностей свидетелей. Позднее, 28 июня этого года Шешелю был вынесен уже третий приговор в связи с тем, что вопреки требованию трибунала, он не убрал со своей личной веб-страницы информацию о защищенных свидетелях, выступавших на судебном процессе против него. Шешель обжаловал и этот вердикт, решение Апелляционной палаты ожидается.