Церемония проходила в Центральном доме журналиста (ЦДЖ) в Москве с десяти утра и продлилась более трех часов. Церемонию прощания посетил президент России Владимир Путин. Среди тех, кто пришел проститься с Алексеевой, также были ее коллеги по цеху, политики, адвокаты, известные общественные деятели.
На небольшой сцене был выставлен гроб, по левую сторону которого расположились члены семьи Алексеевой и самые близкие друзья, коллеги. Возле самого гроба был выставлен траурный караул, в который поочередно вставали члены семьи и коллеги Алексеевой. Среди них был глава президентского Совета по правам человека (СПЧ) Михаил Федотов, который назвал Алексееву «белым ангелом надежды», уполномоченный по правам человека в России Татьяна Москалькова, известный адвокат Генри Резник, член СПЧ Андрей Бабушкин, давний соратник Алексеевой Валерий Борщев и многие другие.
Зал явно не был рассчитан на такое большое количество людей, которые хотели проститься с Алексеевой. Довольно быстро он оказался забит до отказа. Организаторы похорон постоянно просили людей не задерживаться и проходить дальше, но это не помогало. Среди тех, кто не спешил уходить, оказался депутат Олег Шеин, который сначала возложил цветы, а затем некоторое время задумчиво смотрел на присутствующих в зале людей.
Татьяна Москалькова отметила, что Алексеева была «человеком с огромным желанием помогать людям». По ее словам, уход Алексеевой ознаменует начало новой эпохи. «Удивительная женщина маленького роста, но с огромной силой воли. Для меня она стала другом и соратником, и учителем, и оппонентом. Но удивительно, как она умела вести диалог с властью, потому что для нее важен был результат», – сказала Москалькова.
В своей речи Борщев назвал Алексееву «легендой» среди правозащитников. «Уходит целая эпоха... Она человек жертвенный...», – сказал Борщев, который назвал правозащитную деятельность «уникальным» делом.
В свою очередь президент фонда «Холокост» Алла Гербер призналась, что ей очень трудно подобрать слова, чтобы передать то, что чувствует и поставила Алексееву в один ряд с Андреем Сахаровым. «Она была олицетворением необыкновенной доброты. Она всех нас учила главному: не бояться. Мы ведь очень боимся, боимся подумать молча, боимся совершить, боимся быть людьми», – сказала Гербер.
Руководитель исследований Российского общественно-политического центра Федор Шелов-Коведяев, который тоже посетил церемонию, назвал Алексееву замечательным человеком, который «верил в возможность эволюции советского строя в правильном направлении». «Алексеева очень истово относилась к правозащите. Она очень интересный, разноплановый человек. Когда человек уходит, это всегда очень печально и тяжело жить с этим дальше», – сказал газете ВЗГЛЯД общественный деятель Федор Шелов-Коведяев, который посетил церемонию прощания с Алексеевой.
После панихиды тело Алексеевой было кремировано на Троекуровском кладбище. Затем урну с прахом захоронят в семейной могиле.