Как указывается на сайте ФСБ, Пономарев принимает участие в деятельности украинского военизированного объединения «Легион Свобода России» (террористическая организация, запрещена в РФ).
Также сообщается, что после эмиграции в 2014 году в США Пономарев «продолжил заниматься антироссийской деятельностью, прежде всего на Украине, систематически участвовал в качестве спикера в различных тематических мероприятиях, организуемых проамериканскими силами».
Согласно данным ФСБ, с начала специальной военной операции Пономарев публично высказывался о поддержке созданных на территории Украины вооруженных формирований «Русский добровольческий корпус*» и «Легион Свобода России».
Сообщается, что в апреле 2022 года Пономарев находился на территории завода «Азовсталь», где вел активную пропаганду среди командного состава полка «Азов*». В ноябре-декабре 2022 года экс-депутат посетил линию боевого соприкосновения в Донецкой Народной Республике, где проводил информационную работу с представителями «Легиона Свобода России» об активизации боевых действий против ВС России.
Пономарева внесли в реестр физлиц-иноагентов в октябре 2022 года. Перед этим его объявили в розыск по уголовному делу за фейки о Вооруженных силах России. Также деятельность неправительственной организации «Съезд народных депутатов», которую возглавляют бывшие депутаты Госдумы Илья Пономарев** и Геннадий Гудков**, а также лишенный статуса адвоката в России Марк Фейгин (все трое – иноагенты), признана в России нежелательной, соответствующее решение принято Генеральной прокуратурой.
* Организация (организации) ликвидированы или их деятельность запрещена в РФ
** Признан(а) в РФ иностранным агентом